เมื่อปีพุทธศักราช 2436 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงมีพระกรุณาโปรดเกล้าพระราชทานพระบรมราชานุญาตให้ตั้งวิทยาลัยขึ้นในบริเวณวัดบวรนิเวศวิหาร ทรงพระราชทานว่า “มหามกุฏราชวิทยาลัย” เพื่อเป็นที่ศึกษาเล่าเรียนของพระภิกษุสามเณร ทรงอุทิศพระราชทรัพย์บำรุงประจำปีและก่อสร้างสถานศึกษาของมหาวิทยาลัย
ครั้นเมื่อวันที่ 26 ตุลาคม 2439 พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว เสด็จพระราชดำเนินเปิดมหามกุฏราชวิทยาลัย พระองค์ทรงอุปถัมภ์ด้วยทรงพระราชทานพระราชทรัพย์บำรุงประจำปี อาศัยพระราชประสงค์ดังกล่าวแล้วนั้น สมเด็จพระมหาสมณเจ้ากรมพระยาวชิรญาณวโรรส จึงทรงตั้งพระวัตถุประสงค์เพื่อดำเนินกิจการของมหาวิทยาลัยขึ้น 3 ประการดังนี้
1. เพื่อเป็นสถานศึกษาของพระภิกษุสามเณร
2. เพื่อเป็นสถานศึกษาวิทยาการอันเป็นของชาติภูมิและของต่างประเทศ
3. เพื่อเป็นสถานที่เผยแผ่พระพุทธศาสนา
เมื่อกิจการของมหามกุฏราชวิทยาลัยได้ดำเนินแล้วปรากฏว่าพระวัตถุประสงค์เหล่านั้นได้รับผลเป็นที่น่าพอใจตลอดมา เพื่อที่จะให้พระวัตถุประสงค์เหล่านั้นได้ผลดียิ่งขึ้น ดังนั้นเมื่อวันที่ 30 ธันวาคม พ.ศ.2488 สมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ ในฐานะที่ทรงเป็นนายกกรรมการมหามกุฏราชวิทยาลัยพร้อมทั้งพระเถรานุเถระจึงได้ประกาศแต่งตั้งสถาบันการศึกษาชั้นสูงในรูปมหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนาขึ้นโดยอาศัยนามว่า “สภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์” โดยมีจุดมุ่งหมาย คือ
1. เพื่อให้เป็นสถานศึกษาพระปริยัติธรรม
2. เพื่อให้เป็นสถานศึกษาวิทยาการอันเป็นของชาติภูมิและต่างประเทศ
3. เพื่อให้เป็นสถานศึกษาเผยแผ่พระพุทธศาสนาทั้งในประเทศและนอกประเทศ
4. เพื่อให้พระภิกษุสามเณรมีความรู้ความสามารถ ในการบำเพ็ญประโยชน์แก่ประชาชน
5. เพื่อให้พระภิกษุสามเณรมีความรู้ความสามารถในการค้นคว้าโต้ตอบ หรืออภิปรายได้อย่างกว้าง ขวางแก่ชาวไทยและชาวต่างประเทศ
6. เพื่อให้พระภิกษุสามเณรได้เป็นกำลังสำคัญในการจรรโลงพระพุทธศาสนา และเป็นศาสนทายาทที่เหมาะสมแก่กาลสมัย
7. เพื่อความเจริญก้าวหน้าและคงอยู่ตลอดกาลนานของพระพุทธศาสนา
ทั้งนี้ภายใต้การบริหารของคณะกรรมการคณะหนึ่งเรียกว่า กรรมการสภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัย ปัจจุบันเรียกว่า กรรมการสภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัย สถาบันแห่งนี้เริ่มเปิดให้มีการอบรมศึกษาแก่พระภิกษุสามเณรตั้งแต่วันที่ 16 กันยายน พ.ศ. 2489 ปัจจุบันมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย มี 7 วิทยาเขตอยู่ในภูมิภาคต่าง ๆ ของประเทศ รวม 7 แห่ง คือ
1. วิทยาเขตมหาวชิราลงกรณราชวิทยาลัย อำเภอวังน้อย จังหวัดพระนครศรีอยุธยา
2. วิทยาเขตสิรินธรราชวิทยาลัย ในพระอุปถัมภ์ อำเภอสามพราน จังหวัดนครปฐม
3. วิทยาเขตอีสาน บ้านโนนชัย อำเภอเมือง จังหวัดขอนแก่น
4. วิทยาเขตล้านนา วัดเจดีย์หลวง อำเภอเมือง จังหวัดเชียงใหม่
5. วิทยาเขตศรีธรรมาโศกราช วัดพระมหาธาตุ อำเภอเมือง จังหวัดนครศรีธรรมราช
6. วิทยาเขตร้อยเอ็ด บ้านดงลาน อำเภอเมือง จังหวัดร้อยเอ็ด
7. วิทยาเขตศรีล้านช้าง วัดศรีสุทธาวาส อำเภอเมือง จังหวัดเลย
3 วิทยาลัย คือ
1. มหาปชาบดีเถรีวิทยาลัย จังหวัดนครราชสีมา
2. วิทยาลัยศาสนศาสตร์กาฬสินธุ์ อำเภอเมือง จังหวัดกาฬสินธุ์
3. วิทยาลัยศาสนศาสตร์ยโสธร จังหวัดยโสธร